对于研究新手来说， 常常直到写论文时才发现，因为指标选择不当，虽然测定了很多指标，但是由于这些指标相互之间关联性不强，不能相互配合得出一个明确结论，导致论文都没法写。此前的时间、试剂和实验材料就全部浪费了。
（1）包括四个层级的不同指标：生物学现象、非蛋白质的物质变化、蛋白质变化和基因变化。
       就某种生物学现象而言，从因果关系链来看，基因水平的变化，引起蛋白质水平的变化；蛋白质水平的变化引起物质运输水平的变化（离子通道或者载体）或者引起代谢水平（糖、脂类、生理活性物质等）；物质运输或者代谢水平的变化引起生理功能的变化；生理功能的变化最终引起特定生物学现象的产生或者消失。那么，要做一篇高水平的研究论文，就得包括以上几个层级：分子生物学、生物化学、生理学和形态学相应的指标，才能真正阐明某个生物学现象的机制。
（2）研究顺序应该是形态学、生理学、生物化学、分子生物学。这样，前一步研究成为下一步研究的基础，不至于因为茫无头绪而走偏，做无用功！
A. 通过预实验，明确形态学变化（生物学现象）。接下来的研究才有意义，为生理学研究提供线索，不至于茫无头绪，找偏研究方向。
B. 测定产生该生物学现象的可能相关的生理学指标。为生物化学研究提供线索。
C. 测定直接相关的物质种类与含量水平的变化。相对目标明确，也比较好测定。
D. 参与上述物质变化调控的蛋白质种类和水平的变化，也包括修饰状况。可以根据C的测定结果来推测D需要测定的指标。为进一步基因水平的研究提供线索。
E. 参与上述蛋白质变化调控的基因及其表达变化。
（3）如何选择密切相关的指标
对于研究而言，切忌大而空，这样难以得出明确的结论，最后论文都没办法写。正确的做法是切入点要小而准确，即选择一个小的切入点，围绕该切入点，尽可能测定所有紧密相关的数个指标，得出明确结论。然后在此前取得的研究结果基础上，再设计新的研究，一步步稳扎稳打，把研究逐步推进，最后取得大的研究结果。
为了保证细胞稳态，细胞信号传导、基因表达和代谢都呈现网络状，相互影响相互补偿。比如，H₂O₂含量，受到合成和降解代谢平衡的影响，催化合成的酶包括超氧化物岐化酶（SOD）和黄嘌呤氧化酶（XOD）等，催化降解的酶包括过氧化氢酶（CAT）、谷胱甘肽过氧化物酶（GPX）和硫氧还蛋白过氧化物酶（TPX）等，当然也受到GPX和TPX需要的还原物质（如还原型谷胱甘肽和还原型硫氧还蛋白）含量的影响，要阐明H₂O₂含量变化的原因，就必须测定上述几种酶活性和相关底物的变化，才能得出明确的结论。